Se registraron varias irregularidades en la institución. El juez Leopoldo López dictaminó suspender a Autores Paraguayos Asociados durante seis meses, luego de varias irregularidades detectadas en la institución. Más de 180.000.000 de guaraníes es la multa dispuesta por la Dirección Nacional de Propiedad Intelectual. También los directivos recibieron una amonestación, con la advertencia de que si no respetan lo marcado por Dinapi, aplicarán castigos más severos.
Las investigaciones indican que los directivos de APA se repartían millones sin entregar lo correspondiente a los artistas. Cada autoridad recibía al menos 148.000.000 de guaraníes al año. Los salarios rondaban los G. 54.000.000.